Основную роль в развитии кариеса играют бактерии, преимущественно стрептококк мутанс (Streptococcus mutans) и лактобациллы. Посредством бактериологических анализов слюны определяется количество вызывающих кариес микроорганизмов.
С помощью диагностики слюны можно индивидуально установить почти у каждого человека по-разному выраженный риск развития кариеса еще до того, как появятся повреждения зубов. В качестве критерия бактериологической загрязненности используют подсчет общего числа образующих колонии бактерий (Colony Forming Units - CFU) в 1 мл слюны.
Слюна является естественной защитой полости рта: слюна смывает субстраты, вызывающие кариес (например, сахар), а также нейтрализует кислоты, произведенные бактериями. Способность нейтрализовывать кислоты имеет специальное название: буферная емкость слюны. Снижение уровня слюноотделения и понижение буферной емкости слюны способствуют возникновению кариеса.